Hardt vann inneholder høye konsentrasjoner av kalsium, magnesium og andre mineralsalter som ved oppvarming og fordampning kan danne kalkavleiringer på overflatene til den vannkjølte kondensatorens varmevekslere. Over tid fungerer denne skalaen som en isolerende barriere mellom kjølevannet og kondensatorens metalloverflater, noe som svekker varmevekslingseffektiviteten. Når skalaen tykner, krever det mer energi for å oppnå samme kjøleeffekt, noe som fører til redusert systemeffektivitet, høyere driftskostnader og økt slitasje på systemet. Kalkoppbygging kan også føre til redusert strømningskapasitet i kondensatoren, noe som resulterer i høyere trykk og temperaturer. For å bekjempe disse effektene bruker mange vannkjølte kondensatorer vannmyknere som fjerner kalsium- og magnesiumioner, eller bruker anti-avleiringskjemikalier for å hemme dannelsen av belegg.

Vannkvalitet med ekstreme pH-nivåer (enten for surt eller for alkalisk) kan føre til korrosjon av metallkomponenter i vannkjølt kondensator . Vann med lav pH (surt) kan forårsake oksidasjon av metalloverflater, noe som fører til rust og svekke den strukturelle integriteten til kondensatoren, mens høy pH (alkalisk) vann kan forårsake alkalisk korrosjon, som bryter ned metalloverflater. Tilstedeværelsen av klorider, ofte funnet i sjøvann eller industrielt kjølevann, kan akselerere gropkorrosjon, noe som fører til lokal skade. For å forhindre korrosjon bør vannet behandles for å opprettholde et optimalt pH-område, typisk mellom 7 og 8,5, som er ideelt for å forhindre både sur og alkalisk korrosjon. Korrosjonshemmere, som fosfater, sinkforbindelser eller silikater, brukes ofte i forbindelse med regelmessig vanntesting for å sikre at vannkvaliteten er innenfor tolerable grenser.

Vannkilder som inneholder sedimenter, smuss eller andre partikler kan føre til tilstopping og blokkering i den vannkjølte kondensatorens rør- og varmevekslersystemer. Disse faste partiklene kan hindre vannstrømmen, og reduserer dens kapasitet til å frakte varme bort fra kondensatoren. Den reduserte strømmen øker trykket inne i kondensatoren og reduserer dens totale kjøleeffektivitet. Over tid kan sedimentakkumulering føre til slitasje på interne komponenter, noe som ytterligere øker vedlikeholdsbehovet og potensialet for feil. For å redusere disse problemene, installeres filtreringssystemer eller siler vanligvis ved vanninntakspunktene for å fange opp store partikler før de kommer inn i kondensatoren. Disse systemene er utviklet for å fjerne sand, silt og andre suspenderte stoffer som kan skade de interne komponentene eller redusere ytelsen.

Biologisk begroing oppstår når mikroorganismer, som bakterier, alger og sopp, samler seg på kondensatorens varmeveksleroverflater. Når de ikke kontrolleres, kan disse mikroorganismene danne en biofilm, som fungerer som et isolerende lag som i betydelig grad svekker varmeoverføringen. Biofilmen fremmer også korrosjon og tilstopping, noe som reduserer systemets effektivitet ytterligere. Biobegroing er mer vanlig i systemer som bruker overflatevann (elver, innsjøer eller sjøvann) som har høyere nivåer av organisk materiale. Algevekst er spesielt problematisk fordi det kan blokkere vannstrømmen og føre til økt strømforbruk ettersom systemet kompenserer for redusert varmeoverføringseffektivitet. For å bekjempe biobegroing inkluderer vannbehandlingssystemer ofte kjemiske biocider (som klor, brom eller kobberbaserte forbindelser) som dreper mikroorganismer før de kan etablere en biofilm. Ultrafiolett (UV) lysbehandling er et annet miljøvennlig alternativ for å forhindre mikrobiell vekst.